مهدی باكری در سال 1333 در شهرستان میاندوآب در یك خانواده مذهبی متولد شد. در دوران كودكی، مادرش را از دست داد.
تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باكری به دست دژخیمان ساواك) وارد جریانات سیاسی شد.

پس از اخذ دیپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مكانیك مشغول تحصیل شد.

شهید باكری در طول فعالیت های سیاسی خود از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود.
با این حال در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه امام خمینی (ره) - در حالی كه در تهران افسر وظیفه بود - از پادگان فرار كرده و به صورت مخفیانه زندگی كرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.

شهید باكری بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشكیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحكام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا كرد.

پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد و همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده ای را از خود به یادگار گذاشت.

ازدواج شهید مهدی باكری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود كه دو روز بعد از عقد نیز به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسوولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده ای برای مردم انجام داد.

شهید باكری در مدت مسوولیت خود به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش های گسترده ای را در برقراری امنیت و پاكسازی منطقه از لوث وجود وابستگان و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به رغم فعالیت های شبانه روزی در مسوولیت های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تكلیف خویش را در جهاد با كفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه ها شد.

مهدی باكری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در كسب پیروزی ها موثر باشد. در این عملیات یكی از گردان ها در محاصره قرار گرفته بود كه باكری به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد.

در همین عملیات در منطقه «رقابیه» بود كه باكری از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از یك ماه در عملیات بیت المقدس شركت كرد و شاهد پیروزی لشكریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود.

در مرحله دوم عملیات بیت المقدس از ناحیه كمر زخمی شد و با وجود جراحت هایی كه داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی سیم هدایت كند.

شهید باكری در عملیات «رمضان» با سمت فرماندهی تیپ «عاشورا» به نبرد بی امان در داخل خاك عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد اما با هر نوبت مجروحیت، وی بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه روز تلاش می كرد.

در عملیات «مسلم بن عقیل» با فرماندهی او بر لشكر «عاشورا» و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاك گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیك آزاد شد.

شهید باكری در عملیات والفجر مقدماتی و والفجر یك، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشكر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداكار، در انجام تكلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه جانبه ای را از خود نشان داد.

در عملیات «خیبر» زمانی كه برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی كه به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده اش تماس گرفت و چنین گفت شهادت حمید یكی از الطاف الهی است كه شامل حال خانواده ما شده است و در نامه ای خطاب به خانواده اش نوشت من به وصیت و آرزوی حمید كه باز كردن راه كربلاست، همچنان در جبهه ها می مانم و به خواست و راه شهید ادامه می دهم تا اسلام پیروز شود.

نقش شهید باكری و لشكر عاشورا در حماسه قهرمانانه «خیبر» و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی كه آنان در دفاع پاتك های توانفرسای دشمن از خود نشان دادند بر كسی پوشیده نیست.

در مرحله آماده سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به كندی می گذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب كرد و چونان مرشدی كامل و عارفی واصل، آنچه را كه مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بكار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.

مهدی باكری بعد از شهادت برادرش حمید و 15 روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از امام رضا(ع) خواسته بود كه خداوند توفیق شهادت را نصیبش كند سپس خدمت امام خمینی (ره ) و حضرت آیت الله خامنه ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست كرد كه برای شهادتش دعا كنند.

این فرمانده دلاور در عملیات «بدر» در 25 بهمن سال 1363 به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق‌ معمول به خطرناكترین صحنه های كارزار وارد شد و در حالی كه رزمندگان لشكر را در شرق دجله از نزدیك هدایت می‌كرد، تلاش كرد تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتك های دشمن تثبیت كند كه در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیك گفت و به لقای معشوق نایل شد.